Desain pembelajaran pada Prodi S3 Ilmu Politik UGM pada dasarnya adalah program doctor by research. Hanya saja dalam proses penyiapan para kandidat sebagai peneliti mandiri, mereka difasilitasi dengan sejumlah mata kuliah yang diselenggarakan secara terstruktur. Ketika terdapat bukti bahwa mahasiswa sudah memiliki kompetensi dalam mata kuliah tertentu, mahasiswa tidak diwajibkan mengambil mata kuliah yang ditentukan. Mata kuliah dapat diselenggarakan secara terstruktur jika mahasiswa berjumlah lebih dari 5 mahasiswa. Ketika sudah mencapai lebih dari 5 mahasiswa kemudian difasilitasi dengan pendampingan oleh para ahli/ekspert atau dengan kelas kuliah pada umumnya.

Program doctoral by research ini disusun dengan kurikulum terstruktur untuk menjamin kualitas riset mandiri. Kandidat Doktor yang difasilitasi dengan sejumlah mata kuliah yang diselenggarakan secara struktur akan selalu menempuh tiga [3] tahap penting yakni [1] tahap pre-candidacy, [2] tahap riset dan penulisan desertasi, dan [3] tahap pengujian desertasi. Dari segi proses, fase dan substansi riset mandiri yang harus memiliki bobot kompetensi yang memadai. Dengan demikian, struktur kurikulum ditujukan untuk menopang kapasitas teoritik dan metodologi yang dipakai di dalam menganalisis isu politik yang ditawarkan mahasiswa kandidat doktor. Dalam kurikulum terstruktur akan diberlakukan dua skema pendidikan yaitu jalur perkuliahan dan non perkuliahan (yang telah memenuhi kompetensi pendidikan).

Struktur kurikulum melaui jalur perkuliahan terbagi atas empat kompetensi perkuliahan yang mencakup [1] isu penelitian, [2] teori politik, [3] metodologi ilmu politik dan [4] metode penelitian sosial.  Empat kompetensi ini dalam sistem kurikulum akan disajikan dengan titik tekan yang berbeda akan tetapi sejatinya tetap berada dalam satu kesatuan yang logis untuk menemukan state of the artcritical issues dari isu /kajian.